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粒子物理研究中心
粒子物理研究中心开展基于大科学装置的粒子物理和粒子天体物理的实验研究。以阿尔法磁谱仪（AMS）为主，探索宇宙中的暗物质和反物质，研究宇宙线的起源、外太空辐射剂量和太阳物理等；高度参与其他大型实验，扩展研究方向；提出和组织开展新的大型实验。
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热科学研究中心
热科学研究中心主要开展热科学领域的重大基础研究、应用基础研究及应用技术研究。重点进行高性能热功能材料研究、非互易热辐射和近场热辐射研究、热传递机理与应用技术研究。主要实验平台包括热功能材料制备及测量实验平台、近场辐射换热实验平台等。
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计算科学研究中心
主要开展数学与计算科学的基础研究。负责AMS数据中心的建设和运行；以AMS数据中心为基础，开展面向大科学装置的高性能计算、EB级海量数据存储技术、机器学习算法、量子计算等研究；建设高性能高吞吐并行存储系统、信息化系统。
